Informasi Beasiswa S2 & S3 Di Luar Negeri

Berikut ini adalah beberapa teknik-teknik mendapatkan sekolah untuk jenjang S2 dan S3 ‘gratis’ di luar negeri.

Pengantar

Penulis sering ditanya bagaimana caranya bisa bersekolah ‘gratis’ di luar negeri. Saya memberikan tanda kutip pada ‘gratis’ karena sebenarnya tidak 100% modal dengkul. Dalam beberapa kasus, at least kita harus bekerja terlebih dahulu untuk mengumpulkan uang untuk tiket pesawat + biaya hidup bulan pertama, dan situasi mungkin tidak memungkinkan kita untuk berkeluarga terlebih dahulu.

Jenis beasiswa yang akan saya utarakan pertama adalah jenis beasiswa yang kansnya tinggi untuk mendapatkannya. Biasanya beasiswa jenis ini adalah beasiswa jenis riset, dan untungnya, hampir semuanya tanpa ikatan dinas. Untuk beberapa jenis beasiswa, mereka lebih senang kalau sang pelamar bekerja untuk institusi pendidikan, lembaga penelitian, atau LSM.

Satu rule of thumb yang patut dihayati adalah: ‘kita harus berkelat-kelit untuk mendapatkan beasiswa S2, tapi relatif jauh lebih mudah untuk mendapatkan beasiswa S3′. Makanya jika Anda mengejar waktu, sebaiknya ambil dulu S2 di Indonesia, sambil juga melamar S2/S3 di tempat lain. Kalau dapat S2 gratis di luar negeri, ya yang di Indonesia ditinggal saja.

Daftar Beasiswa Berdasarkan Negara

Secara umum, beasiswa ini memiliki karakteristik:

• tidak memiliki ikatan dinas sama sekali
• mahasiswa harus mengerjakan penelitian sesuai minatnya, dan sekaligus sebagai thesisnya

---

1. Amerika Serikat

Biasanya sekolah sekolah bagus di Amerika Serikat, (katakanlah top 50 pada bidangnya) sering memberikan beasiswa yang disebut stipend, meskipun baru mahasiswa S2. Besarnya stipend sekitar US$1000-1400, tergantung lokasi. Yang jelas cukup sekali untuk hidup. Mahasiswa yang menerima stipend itu, juga tidak perlu membayar uang sekolah (tuition fee). Lamanya stipend adalah per semester, tapi saat summer biasanya diberikan pekerjaan lain di universitas (mostly guaranteed). Kalau sedang sial (jarang sekali), tidak dapat assistantship untuk semester itu, ya pulang saja ke Indonesia dahulu.

Syarat penting mendapat beasiswa adalah harus mau menjadi teaching assistant atau research assistant. Teaching assistant bertugas membantu proses belajar-mengajar di kelas, seperti fotokopi, setup komputer di lab untuk kelas itu, memeriksa tugas-tugas, dan memberikan tutorial di luar jam kelas. Sedangkan research assistant bertugas membantu professor di lab, seperti membuatkan program untuknya, mengatur laboratioriumnya, membuat dokumentasi riset dan sebagainya. Mahasiswa selain melakukan penelitian, juga masih diwajibkan untuk mengambil coursework (kelas).

Memang harus diakui bahwa ada beberapa sekolah terkenal yang hanya memberikan jaminan beasiswa kepada mahasiswa S3. Untungnya, di AS, mahasiswa S1 bisa langsung masuk program S3, dimana di tengah-tengah perjalanan menumpuh S3 itu ada sertifikat bahwa ybs sudah melampaui jenjang S2. Jadi bisa ngerti sendirilah … :-p

Untuk mendaftar ke pendidikan pascasarjana ke AS, biasanya mereka mengharuskan pelamar memberikan hasil nilai TOEFL dan GRE General Test resmi dari ETS (www.ets.org). Beberapa universitas terkemuka juga mengharuskan mengambil GRE Subject Test, misalnya GRE Computer Science, GRE Biology, GRE Economics, dan sebagainya. Di Jakarta, cabang ETS terletak di Menara Emporium, Jl.Rasuna Said, Kuningan. Biaya TOEFL sekitar US$60, GRE sekitar US$120. Kalau punya TOEFL > 580 (standar nilai lama) dan GRE General Test > 1750 saya sarankan pergi ke AS.

Bahkan, saya sarankan untuk mendaftar di top 20 jika memiliki GRE > 1900. Go for it!

Pelamar dapat mendownload formulir pendaftaran langsung dari website universitas tersebut. Dalam formulir pendaftaran itu, biasanya ada pertanyaan dari mana sumber pendanaan untuk kuliah nanti. Pilihlah option untuk ‘menggantungkan sepenuhnya pada universitas dengan stipend assistantship’. Biaya pendaftaran biasa antar US$30-$60.

Kemudian mereka biasanya menyuruh kita untuk membuat statement of purpose. Tujuan dari statement of purpose adalah untuk meyakinkan bahwa Anda layak dapat beasiswa. Anda harus menunjukkan ‘kemampuan’ Anda, jangan malah merendahkan diri! Statement of purpose isinya:

1. mengapa kita ingin melakukan pendidikan tinggi
2. bidang peminatan kita apa, kalau bisa tunjukkan sedikit pengetahuan Anda mengenai ‘trend’ di bidang riset itu.
3. mengapa kita ingin melakukan riset di bidang itu
4. kalau sudah selesai mau jadi apa dan mau bekerja di mana (akademisi, industri, profesional, etc.) sebagai apa

Selain itu Anda sebaiknya juga menceritakan:

1. kalau mungkin, tunjukkan bahwa Anda memiliki kompetensi di bidang itu (jadi memang ada baiknya dari sekarang Anda sudah memiliki bidang yang fokus).
2. tunjukkan bahwa Anda bisa menjadi asisten pada mata kuliah S1 apa saja (jika jadi teaching assistant). Tapi jelaskan pula bahwa Anda bisa ‘fleksibel’.

Karena biasanya statement of purpose itu harus singkat dan lugas (sekitar 1/2 halaman, max 1 halaman), kalau perlu Anda menceritakan 2 point di atas di luar statement of purpose. Tapi kalau masih muat, ya masukkan saja dalam statement of purpose.

Sebelum mendaftar, ada baiknya jika Anda memastikan terlebih dahulu bahwa bidang Anda minati, ada profesor yang memiliki minat yang kurang lebih sama di universitas itu. Sebaiknya, bercakap-cakap dahululah dengan profesor tersebut, katakan bahwa saya tertarik untuk melakukan riset. Tanyakan pula apakah dia berminat mengambil Anda menjadi mahasiswanya. Jangan lupa cari muka sedikit . Hal ini akan sedikit memperlicin jalan saat seleksi mahasiswa baru. Sekedar info, biasanya universitas di AS tidak meminta research plan yang kongkrit, karena baru saat di sana nanti merencanakan riset.

By the way, sebelum pergi ke AS, kita juga harus memiliki persediaan uang selama satu bulan ($1500+), plus tiket pesawat ke Amerika Serikat.(sekitar $700).

---

2. Kanada

Sama seperti Amerika Serikat, dan banyak diantara mereka tidak memerlukan GRE Subject Test. Meskipun ada Canadian Education Centre (CEC) di World Trade Center, Jl.Jendral Sudirman, tapi saya pikir cukup ke website universitasnya saja.

---

3. Jerman

Di negara-negara Eropa daratan (excluding British), biasanya tidak mengenal program bachelor (S1), karena bachelor adalah pola pendidikan Anglo-Saxon. Yang bisa dibilang dekat dengan S1-nya adalah program-program politeknik. Nah, oleh karena itu lulusan S1 Indonesia harus diupgrade agar sama dengan lulusan uni Eropa daratan, yakni Doktorandus (Drs), Diplom (Dipl) atau Licente (Lc). Gelar kesarjanaan ini sama dengan S2.

Seperti banyak kita ketahui, universitas-universitas di Jerman sama sekali tidak memungut biaya. Tapi tentu saja kita harus memiliki sumber pendanaan untuk biaya hidup.

DAAD (www.daad.de) adalah lembaga Jerman yang menyediakan informasi pendidikan dan juga informasi beasiswa di Jerman. Kantornya di Jakarta berlokasi di Gedung Sumitmas II, Jl.Jendral Sudirman, di depan Depdikbud. Mereka memiliki program beasiswa setiap tahun. Skim beasiswa yang disediakan DAAD mencakup S2, S3, sandwich program, riset 3-6 bulan, dan juga postdocotoral research. Tiket pesawat disediakan. Kalau dapat beasiswa dari DAAD, bisa modal dengkul.

Ada pula beasiswa dari industri seperti dari Siemens besarnya 1200 DM. Tidak harus pegawai negeri.

Untuk belajar di Jerman tidak harus melalui DAAD. Kalau untuk S3, setiap mahasiswa S3 pasti mendapatkan beasiswa. Jadi bisa saja setelah Anda lulus S2, Anda langsung mencari universitas di Jerman yang kebetulan ada profesor yang bidangnya sama dengan bidang peminatan Anda, dan melamar. Tapi tentu Anda akan butuh mencukupi sendiri biaya hidup 1 bulan dan tiket pesawat ke Jerman.

Untungnya, berbeda seperti di AS dan Kanada, biasanya di Jerman, Belanda, Austria, Belgia dan Switzerland, tidak memiliki kewajiban jadi teaching assistant atau research assistant. Kalaupun ada biasanya cuma 1 session tutorial per minggu. Tidak berat sama sekali. Kalaupun kita disuruh menulis paper, itu juga biasanya untuk kepentingan kita juga. Gaji (atau katakanlah beasiswa) kita cukup sekali untuk hidup.

Jangan lupa kontak profesornya dahulu (sama dengan cara yang di AS). Kirimkan pula statement of purpose dan research plannya. Kalau perlu diskusikan dahulu research plannya (biar cocok dengan pembimbingnya) sebelum mendaftar ke universitasnya.

Isi research plan itu standar-standar saja: latar belakang masalah, problem, metodologi penelitan, bagaimana kamu kira-kira akan memecahkan masalah tersebut, dll. Garis besarnya saja, asal bisa memberikan gambaran apa yang akan Anda teliti.

Saya sarankan untuk mengambil kursus bahasa Jerman di Goethe Institute, karena paling sedikit ada 3 negara yang menyediakan beasiswa, menggunakan bahasa Jerman, yakni Jerman, Switzerland dan Austria. Peluang beasiswa menjadi meningkat. Sudah begitu, kalau sudah bisa Jerman, belajar bahasa Belanda jadi gampang sekali.

Sebenarnya kalau Anda menempuh S3, dalam realitanya tidak harus menggunakan bahasa Jerman saat berdiskusi dengan peer atau profesor. Hal ini karena tidak banyak orang yang mau mengikuti program S3, dan biasanya universitas itu yang ‘membutuhkan’ mahasiswa S3. Cuma, untuk meningkatkan probabilitas mendapatkan beasiswa, kenapa tidak belajar bahasa Jerman?

---

4. Belanda

Sama persis dengan Jerman, hanya saja nama lembaga penyalur informasi pendidikannya adalah Netherlands Education Center (NEC). Di Jakarta lokasinya di Gedung Patra Jl.Gatot Subroto, Kuningan. Kantornya bersebelahan dengan kantor kamar dagang Belanda di Indonesia.

Sekolah di Belanda juga gratis, tapi yang international programme biasanya tidak gratis. Pemerintah Belanda juga menyediakan skim beasiswa yang saingannya lumayan banyak, namanya beasiswa TALIS.

NEC juga menyediakan informasi beasiswa tahunan yang disediakan langsung oleh universitas-universitas di Belanda. Selain itu ada juga program-program internasional yang berbahasa Inggris. Sayangnya untuk level S2 (Drs, Ir.), beasiswa kelas-kelas berbahasa Inggris itu biasanya cuma 1/2 uang tution fee dan sulit mendapatkannya.

Untuk S3, gratis dan digaji, sama seperti Jerman.

Informasi lebih lanjut bisa hubungi:

Netherlands Education Centre
Citra Graha 7th floor, suite 703
Jl. Jend. Gatot Subroto kav. 35-36
Jakarta 12950
Indonesia
Phone (62 21) 5200453, 5201085
Fax (62 21) 5200457
E-mail: necjkt@ibm.net

---

5. Austria & Swiss

Secara umum sama seperti Jerman. Tiap tahun kedutaan Austria dan Switzerland juga menyediakan beasiswa, namun berbeda dengan Belanda dan Jerman, mereka tidak menyediakan beasiswa S2 sama sekali. Yang mungkin adalah gelar S2 dari Indonesia, tapi sandwich di sana (penelitian 6 bulan – 1 tahun). Tapi tentu masih mendapat sertifikat. Selain itu tentunya beasiswa dari kedutaan Austria dan Switzerland juga ada yang untuk S3. Semuanya lengkap dengan tiket pesawat dan ongkos hidup. Practically bisa dengan modal dengkul kalau dapat beasiswanya.

Saat interview di kedutaan biasanya akan ditanya hal-hal yang sama seperti dalam statement of purpose dan research plan. Di kedutaan Swiss juga ada test bahasa, sekedar untuk menguji saja, toh nanti juga disekolahkan di sekolah bahasa di Swiss sebelum masuk kuliah. Tergantung Anda memilih sekolah di mana, ada universitas di Swiss yang berbahasa Perancis, seperti misalnya di Geneva. Tapi kalau di sebelah utara dan timur, umumnya berbahasa Jerman.

Anda juga bisa daftar langsung ke universitas yang bersangkutan, terutama untuk program S3, dengan cara sama seperti Jerman & Belanda. Gratis dan digaji juga.

E-mail kedutaan besar Swiss (di Jl.Rasuna Said, dekat Erasmus Huis): swiemjak@rad.net.id

---

6. Jepang

Sebenarnya kalau sampai di Jepang sana, cukup banyak beasiswa, namun sayangnya tidak banyak yang full membiayai uang kuliah dan biaya hidup. Bahkan untuk S3 saja juga harus bayar.

Pemerintah Jepang menyediakan juga beasiswa Monbusho kepada orang-orang Indonesia. Ada dua jenis beasiswa Mombusho. Yang pertama pelamar harus pegawai negeri atau dosen. Melalui jalur ini, pelamar kalau lolos seleksi akan dicarikan pembimbing/profesor yang cocok sesuai minat. Sedangkan yang satu lagi sang pelamar harus aktif mencari sang profesor, dan menanyakan apakah si profesor tersebut bersedia menjadi pembimbing riset pelamar. Klik di sini untuk informasi lengkap mengenai beasiswa Monbusho.

Di kedutaan Jepang Jl.MH Thamrin, terdapat perpustakaan yang berisi informasi pendidikan tinggi di Jepang.

Informasi mengenai beasiswa di Jepang di bawah ini saya dapatkan dari rekan saya Rahmat:

a. INPEX Foundation

Beasiswa ini untuk melanjutkan S2 di Universitas Jepang. Beasiswa ini tidak mengikat (tidak ada ikatan dinas). Test dan sistem seleksinya diadakan di Indonesia. Beasiswa ini mengcover juga tiket pp Indonesia – Jepang. Pendaftaran dibuka dari tanggal 1 Agustus dan deadline penyerahan dokumen tanggal 15 Nopember. Besarnya beasiswa 160.000 yen/bulan. Uang kuliah, uang
pendaftaran, uang ujian masuk ditanggung semua oleh sponsor. Formulir applikasinya bisa di dapat di alamat berikut :
14 F Ebisu Neorato 4-1-18 Ebisu, Shibuya-ku, Tokyo 150-0013 JAPAN

b. The OKAZAKI Kaheita International Scholarship Foundation

Beasiswa ini untuk melanjutkan S2 di Universitas Jepang. Beasiswa ini tidak mengikat (tidak ada ikatan dinas). Test dan sistem seleksinya diadakan di Indonesia. Beasiswa ini mengcover juga tiket pp Indonesia – Jepang. Formulir applikasinya bisa di dapat di alamat berikut :
3-2-5 Kasumigaseki, Chiyoda-ku, Tokyo 100-0013 JAPAN

c. The Hitachi Scholarship

Beasiswa ini bisa untuk S2 ataupun S3. Syaratnya harus alumni dari ITB, UI, UGM, IPB dan formulir bisa diambil dan ditanyakan dari rektorat masing-masing universitas tsb diatas. Beasiswa ini juga mengcover tiket pp Indonesia – Jepang, uang kuliah, uang pendaftaran, uang ujian masuk, perumahan ditanggung juga, dan uang beasiswa 180.000 yen/bulan. Informasi lebih lanjut bisa di dapat di :
1-5-1 Marunouchi, Chiyoda-ku, Tokyo 100-0005 JAPAN

d. Matsushita Electric Industrial Co., Ltd

Panasonic Scholarship Beasiswa ini untuk melanjutkan S2 di Universitas Jepang. Tidak ada ikatan dinas dalam beasiswa ini. Pendaftaran dibuka bulan February – Maret. Beasiswa ini juga mengcover tiket pp Indonesia – Jepang. Uang kuliah, uang
pendaftaran, uang ujian masuk ditanggung oleh sponsor, uang beasiswa 200.000 yen/bulan.
Informasi lengkap lihat di http://www.panasonic.co.id/
atau kontak e-mail : PAN11311@pas.mei.co.jp
Panasonic Scholarship, Matsushita Electric Industrial Co., Ltd
1006 Kadoma Osaka, 571-8501 JAPAN

e. Beasiswa dari Aichi Prefecture, Aichi Scholarship

Beasiswa ini untuk melanjutkan S2 di Universitas Jepang. Tidak ada ikatan dinas dalam beasiswa ini. Deadline penyerahan application 20 Mei. Syarat yang harus dipenuhi, Universitas yang dipilih harus berada di Aichi Prefecture. Uang kuliah, uang pendaftaran, uang ujian masuk ditanggung oleh sponsor, uang beasiswa 185.000 yen/bulan. Informasi lebih lanjut bisa di dapat di : Aichi Prefectural Office, 3-1-2 Sannomaru, Naka-ku, Nagoya-shi, Aichi 460-01 JAPAN

f. The Japan Securities Scholarship Foundation

Beasiswa ini untuk melanjutkan S2 di Universitas Jepang. Tidak ada ikatan dinas dalam beasiswa ini. Application dari bulan Januari sampai Mei. Beasiswa mengcover tiket pesawat, Uang kuliah, bantuan biaya perumahan (apartemen), dan uang beasiswa bulanan sebesar 120.000 yen. Beasiswa ini diberikan buat jurusan Social Science, Humanities. Informasi lebih lanjut bisa di dapat di :
Tokyo Shoken Building
5-8 Kayabacho, 1-chome, Nihonbashi, Chuo-ku, Tokyo 103-0025  JAPAN

---

7. Singapura

Singapura memiliki dua universitas ‘negeri’, yakni National University of Singapore (NUS), dan yang lebih baru yakni Nanyang Technological University (NTU). Memang harus diakui bahwa NUS bukan sekolah ‘bule’ (meskipun banyak pengajarnya dari manca negara), tapi peringkat NUS selalu berada di top 10 universitas di Asia, dan selalu diatas seluruh universitas Australia. Meskipun untuk orang awam seolah-olah tidak membanggakan (karena bukan sekolah bule), namun reputasi internasional NUS memudahkan mahasiswanya dan lulusannya untuk melanjutkan pendidikan ke jenjang yang lebih tinggi lagi.

Beasiswa yang disediakan oleh pemerintah Singapura melalui kedua universitas itu ada yang berbasis coursework (sulit masuknya, saingannya ketat dari seluruh ASEAN), dan ada lagi yang berbasis riset S2/S3 (lebih mudah). Untuk mendapatkan beasiswa berbasis riset, dalam formulir pendaftaran (download dari www.nus.edu.sg atau www.ntu.edu.sg) juga lampirkan proposal riset (research plan). Bahkan kadang-kadang bisa tanpa proposal riset, dengan cara bercakap-cakap dengan profesornya terlebih dahulu (via e-mail) dan meminta sang profesor memberikan alternatif research plan. Pokoknya asal menunjukkan minat melakukan penelitian.

Beasiswa (gaji) bulanan yang diterima adalah SG$1400, tanpa tiket pesawat (kecuali yang ASEAN scholarship). Biaya hidup bulanan (hidup enak) sekitar SG$1000, jadi masih bisa menabung SG$400 per bulannya.

---

8. Australia & Inggris

Seperti kita ketahui Australia menyediakan beasiswa tahunan AusAID yang saingannya berjibun. Pusat informasi pendidikan Australia adalah IDP, berlokasi di Jl.Rasuna Said.

Sedangkan Inggris juga menyediakan beasiswa S2 dan S3 tahunan (British Chivening) yang pelamarnya banyak sekali. Informasi tersebut bisa didapatkan di British Council, Widjojo Centre. Beasiswa diberikan kepada 80% pegawai negeri dan 20% swasta.

Perlu diberitahukan juga bahwa di British Council tersebut juga sering ada pengumuman beasiswa untuk S2/S3, hanya saja sayangnya hampir semua beasiswa tersebut parsial (misalnya 1/2  uang tuition).

Australia dan Inggris adalah negara-negara yang terkenal pelit dalam soal beasiswa, mentang-mentang pakai bahasa Inggris. Kasarnya, mereka mengkomersilkan pendidikan. Bahkan untuk S3, harus bayar. Kalaupun ada program beasiswa, saingannya banyak sekali.

Tapi jangan putus asa. Kalau ada kemauan, maka ada jalan. Beberapa universitas di Australia, menyalurkan beasiswa riset dari pemerintah Australia untuk jenjang S2/S3 terbatas kepada pelamar internasional (bukan AusAID), termasuk biaya hidup (tanpa tiket pesawat dan settlement cost). Hanya saja saingannya lumayan banyak, meskipun tidak seketat AusAID. Dalam formulir pendaftaran yang biasanya bisa didownload langsung dari website universitas, jangan lupa cantumkan statement of purpose dan research plan.

Tapi saya juga pernah ditawari untuk mengajar program bachelor di Australia (mungkin saat itu mereka sedang kekurangan dosen), sekaligus mengambil program S3. Jadi ada kans untuk mengajar atau jadi tenaga peneliti, sekaligus mengambil S3. Tinggal pintar-pintarnya kita saja membujuk mereka agar mau mengambil kita. Manfaatkan kunjungan-kunjungan lembaga pendidikan Australia ke Indonesia untuk merekrut mahasiswa S1, untuk mencari kemungkinan S3 sekaligus bekerja di universitas itu.

Kemudian University of Cambridge (www.cambridge.ac.uk) juga menyediakan beasiswa lepasan tanpa ikatan dinas.

Dikutip dari: Arrianto Mukti Wibowo ( amwibowo@yahoo.com )
Copyright (c) 2000

Choosing Competent Cell E.coli strain

Source: http://bitesizebio.com/2007/09/24/choosing-a-competent-ecoli-strain

Of all the of competent E. coli cell strains available, which one should you choose? The choice of strain to use in a given experiment is determined in large part by the nature of the experiment and the set of traits that best fit it. In this article I summarize some of the most important traits and their benefits in downstream applications.

Note that when writing out a strain’s genotype, one usually lists only the known mutations and everything else is assumed wild-type. The mutant alleles are not given a minus sign, e.g. endA describes the endA null phenotype. Deletions are indicated by a delta before the mutant allele.

This is the third of three articles on E. coli competent cells and transformation. Part 1, Part 2

Traits that maintain the integrity of the transformed plasmid
Genotype	Description	Benefit
endA	Knock-out mutation in non-specific endonuclease (Endonuclease I). Eliminates non-specific endonuclease activity.	Improved plasmid yield/quality
hsdR	Mutations in hsdR prevents restriction of unmethylated EcoKI sites	Efficient transformation of DNA generated from PCR reactions
dam/dcm	Mutations in dam/dam abolish adenine and cytosine methylation at specific recognition sequences.	Propagation of DNA for cleavage with methylation-sensitive restriction enzymes e.g. Ava II, Bcl I
mcrA, mcrBC,or mrr	Mutations in these genes prevents methylated DNA from other organisms from being recognized as foreign	Allows cloning of genomic DNA or methylated cDNA
recA	Mutation in recA reduces DNA recombination	Increased plasmid DNA stability
recBCD	recBCD encodes exonuclease V. Mutation in RecB or RecC reduces DNA recombination by a factor of 100.	Increased plasmid DNA stability
recJ/sbcC	Also involved in DNA recombination. Inactivation increases plasmid DNA stability	Increased plasmid DNA stability
uvcR/umuC	Involved in the UV and SOS DNA repair systems respectively. The inactivation of these genes increases the stability of plasmids carrying inverted repeats	Increased plasmid DNA stability

Traits for the identification of positive clones
Genotype	Description	Benefit
lacZ-delta-M15	Deletion of the N-terminal alpha-fragment from the LacZ gene, making ?-galactosidase function dependent on expresion for the lacZ-? fragment from another source (e.g. a plasmid)	Used for blue/white screening of recombinant plasmids carrying the lacZ-? fragment
lacI	The lac repressor. Inhibits expression from the Lac promoter in the absence of lactose/IPTG	A functional lacI is required for blue/white screening

Traits for improved transformation efficiency
Genotype	Description	Benefit
deoR	Deletion of a regulatory gene, allowing constitutive expression of deoxyribose synthesis gene	Increases the transformation efficiency for large plasmids
hee	Stands for “high electroporation efficiency”. Increases survival rate of cells during electroporation, leading to higher transformation efficiency.	High transformation efficiency
hte	Stands for “high transformation efficiency”.	High transformation efficiency.

Traits Related to Protein Expression
Genotype	Description	Benefit
lacIq	This mutated version of LacI gives high levels of lac repressor expression. This allows tighter regulation of gene expression from the lac promoter	Tightly regulated gene expression from lac promoter
DE3	Lysogen that encodes T7 RNA polymerase. Used to induce expression in T7-driven expression systems	Required for expression from the T7 promoter in E.coli
pLysS	pLysS is normally plasmid borne. It harbors T7 lysozyme, which destroys T7 polymerase produced from DE3. Used to reduce basal expression in T7-driven expression systems by inhibiting basal levels of T7 RNA polymerase	Tightly regulated gene expression from T7 promoter
lon	Defficiency in the Lon ATPase-dependent protease. Decreases the degradation of recombinant proteins; all B strains carry this mutation	Reduced degradation of recombinant proteins
ompT	Defficiency in an outer membrane protease.	Reduced degradation of recombinant proteins
araD/ara-14	Cannot metabolize arabinose	Enhances expression from araB promoter
dnaJ	dnaJ encoded chaparonin is inactivated	Improves folding of some heterologous proteins
gor	Mutation in glutathione reductase, which enhances disulphide bond formation	Improves folding of heterologous proteins requiring disulphide bonds

The table below has a few suggestions of competent cell strains to use for some applications. All of these strains are available from Invitrogen or Stratagene, although many other manufacturers make the same or equivalent strains:

Application	Strain
Routine Cloning/Sub-cloning, Blue/white screening	XLI-Blue, DH5-alpha, top10
Very high efficiency cloning e.g. for library construction	XL10-Gold, MegaX DH10b
Cloning of unmethylated DNA	XL1-Blue MR
Production of unmethylated DNA	JM110, INV110
Cloning of unstable plasmids	Sure, Stbl4
Expression from T7 promoter	BL21 (DE3)
Expression from T7 promoter, tight regulation	BL21 (DE3) pLysS
Expression from T7 promoter with codon bias correction	BL21 codon plus, Rosetta
Improved disulphide bond formation	Origami
Fast cloning (due to quick cell growth)	Mach1

Transformation PPICZalpha-PhyAO 1,5,6 , PhyAF, and PPICZB-GFP+S1 EcoRI into E. coli

Continuing previous experiment, today I’m going to transform gene encoding phytase from aspergillus oryzae, Aspergillus niger,  GFP+S1 (we mutated this gene through PCR and cloned into vector pGEMT easy, amazingly It glows up) into E.coli DH5alpha.

this morning we have subcultured E.coli 1% of total volume (1% of 25 ml=250uL) into fresh LB 25 ml, then incubated at 37 Celcius degree for about 3 hours. after 3 hour we prepared for making competent cells, heat shock, recovery cell, and plating onto Luria Agar containing antibiotic resistance.

if your protein is cytosolic and non-glycosilated, you may elect to express the protein intracellularly using one of the PPICZ vectors. PPICZ A,B,C (www.invitrogen.com) well-known are expression vector in yeast especially P. pastoris.

however if you wish your protein expressed outer cell membrane,glycosilated, or directed into an intracellular organelle, you may wish to try secreting your protein using on of the PPICZ alpha vector. invitrogene had recommended us to try both the native secretion signal and alpha-factor signal sequence in order to secrete our protein.

Finishing transformation is to plate e.coli recovered-cells onto appropriate media.

1. pOKBAD4-Sp/Sm  (LA+Km 50+Sp25)               6. PPICZB-GFP+S1 EcoRI (LA+Zc 25)

2. pOKBAD9-Sp/Sm  (LA+Km 50+Sp25)               7. PPICZ-alpha -AF new (LA+Zc 25)

3. pOKBAD13-Sp/Sm  (LA+Km 50+Sp25)             8. PPICZ-alpha -AO1 (LA+Zc 25)

4. pOK-E.coli hemB-Gm (LA+Km 50+Gm 10)       9. PPICZ-alpha -AO5 (LA+Zc 25)

5. pGLO-GFP+S1 EcoRI (LA+Ap100+Ara 0.2%)    10. PPICZ-alpha -AO6 (LA+Zc 25)

Maps of PPICZ can be viewed at www.genomex.com/vector_maps/ppicz_map.pdf

Beasiswa Monbusho, Jepang

Beasiswa ini dinamakan Monbusho Research Student, sebab pada
dasarnya beasiswa diberikan untuk program research student
(program non gelar selama 1.5 atau 2 tahun saja, tergantung
Monbusho recommended by Embassy atau recommended by University).
Jadi penerima beasiswa ini pada awalnya diberikan hanya untuk 1.5
th atau 2 th buat Research Student (program Non Gelar). Tetapi
selama 1.5 th atau 2 th itu jika penerima beasiswa bisa masuk
program S2 ataupun S3, beasiswa akan diperpanjang dan statusnya
jadi beasiswa S2 atau beasiswa S3.
Untuk mendapatkan beasiswa monbusho research student ini ada 2
macam :
1. Monbusho Recommended by Embassy (di Indonesia, dikenal dengan
nama Monbusho G to G)
2. Monbusho Recommended by University (di Indonesia, dikenal
dengan nama Monbusho U to U)
untuk selanjutnya sebut aja beasiswa Monbusho G to G dan Monbusho
U to U (tapi ingat istilah ini hanya ada di Indonesia).

Cara untuk mendapatkan beasiswa Monbusho Research Student :
1. Untuk mendapatkan beasiswa Monbusho G to G
untuk mendapatkan beasiswa ini, pelamar bisa menghubungi Kedutaan
Besar Jepang di Jakarta. Tetapi syarat mutlak yang mesti dipenuhi
adalah bahwa pelamar harus statusnya PNS (pegawai Negeri Sipil)
atau karyawan BUMN. Selain tersebut tidak bisa mendaftar. Pihak
kedutaan besar Jepang telah bekerja sama dengan Pemerintah
Indonesia (dalam hal ini pemerintah Indonesia memohon kepada pihak
Kedutaan Jepang agar pelamar hanya diperbolehkan khusus untuk PNS
atau karyawan BUMN). Sebenarnya Pihak Monbusho (Ministry of
Education, Science, Sports and Culture JAPAN) tidak mensyaratkan
demikian, hanya pemerintah Indonesia saja yang menginginkannya.
Jadi kita tidak menjumpai syarat-syarat demikian di berbagai
negara lain seperti : China, Korea, Malaysia. Thailand, Philipina,
Perancis, Kroasia, German, USA, Inggris, Mesir, Iran dll.
Persyaratan lain, sistem seleksi diatur oleh masing-masing
Kedutaan Besar Jepang di negara yang bersangkutan.  Beasiswa
Monbusho G to G ini untuk Indonesia quotanya sekitar 50 orang, dan
biasanya jatah buat PNS dari Departemen Pendidikan (dalam hal ini
dosen) sekitar 35 orang dan 15 orang dari Departemen lain atau
dari BUMN. Bagi yang berhasil lulus atau berhasil mendapatkan
beasiswa ini, maka penerima akan mendapatkan beasiswa research
student selama jangka waktu 2 tahun (non gelar). Dalam masa
research student tersebut di universitas jepang yang dipilihnya,
mereka sekolah bahasa jepang, dan persiapan untuk ujian masuk S2
bagi yang ingin melanjutkan program S2 dan ujian masuk S3 bagi
yang ingin melanjutkan program S3. Ujian masuk universitas diatur
oleh masing-masing universitas yang dipilih. Ada universitas
jepang yang tiap setengah tahun ngadakan ujian masuk, ada juga
setiap tahun sekali ujian masuknya. Jika dalam tahun pertama atau
pertengahan tahun pertama saudara lulus ujian masuk S2 atau S3
maka status beasiswa research student yang masa waktunya masih
lebih akan otomatis di cancel (dihentikan) dan saudara di daftar
sebagai penerima beasiswa S2 (dua tahun lagi, buat yang akan masuk
S2) dan S3 (tiga tahun lagi, buat yang akan masuk S3). Tetapi jika
dalam masa research student tsb saudara gagal masuk ujian pertama,
maka saudara bisa mengikuti ujian masuk ke dua dan ketiga sampai
masa research habis. Jika sampai masa research student habis dan
saudara belum bisa masuk ujian, maka saudara di pulangkan. Untuk
yang masuk S2, setelah saudara menyelesaikan program Master, dan
jika saudara berkeinginan untuk melanjutkan program S3 maka
saudara bisa memperpanjang beasiswa itu untuk masuk program S3
(dan beasiswa akan diperpanjang lagi 3 tahun ke depan).
Informasi mengenai syarat-syarat beasiswa ini (silahkan klick
disini).

2. Untuk mendapatkan beasiswa Monbusho U to U
Bagi yang bukan PNS atau karyawan BUMN, yang sudah jelas-jelas
nggak bisa ikut Monbusho G to G, jangan kuatir ada cara lain untuk
mendapatkan beasiswa Monbusho yaitu beasiswa Monbusho U to U (tapi
ini istilah di Indonesia saja) untuk istilah di Jepangnya,
Monbusho Recommended by University (artinya universitas Jepang
merekomendasikan calon ke Monbusho). Sebenarnya rekomendation
diberikan oleh Professor Jepang yang diteruskan ke Universitasnya
dan Universitas merekomendasikan ke Monbusho.
Lalu bagaimana cara untuk mendapatkannya ?

Kontak salah satu Professor Jepang yang sesuai bidang anda, dan
mulailah kenalan-kenalan baik lewat e-mail, surat pos, Facsimile,
maupun telepon. Pertama katakan bahwa saudara tertarik/interest
dengan research topik di lab. Profesor tersebut, dan katakan juga
bahwa saudara pengen sekali gabung dengan lab. tsb untuk
melanjutkan study master atau doktor. Dalam surat perkenalan
pertama itu sedapat mungkin saudara menyertakan CV, ringkasan
riset yang pernah saudara kerjakan dan rencana riset/tema riset
yang ingin saudara lakukan.  Setelah menjalin beberapa kali kontak
dengan Professor  (artinya kalau Professor sudah OK untuk menerima
saudara) maka tanyakan ada kemungkinan dia mencalonkan
(merekomendasikan ) orang asing untuk mendapatkan beasiswa
Monbusho nggak. Saat saudara tanya tentang beasiswa Monbusho ke
Professor tersebut, biasanya saudara di anjurkan untuk mengikuti
Monbusho yang lewat Embassy di negara masing-masing, setelah
saudara berhasil, saudara bisa ngontak Professor tersebut lagi
untuk membimbing saudara. Memang jawaban seperti diatas sering
sekali diucapkan oleh Professor Jepang. Ada kemungkinan bahwa
Professor sibuk dan nggak mau ngurus (sebab untuk apply monbusho
recommended by university, Professor lah yang sibuk sekali mulai
dari ngambil application ke Foreign Student Office di
Universitasnya, terus Professor mengirimkan application itu ke
calon mahasiswa, dan setelah diisi oleh calon mahasiswa, terus
Professor memberikan application itu ke Foreign Student Office
lagi setelah dia ngasih rekomendasi). Kemungkinan lainnya adalah
bahwa Professor itu tidak tahu bagaimana cara apply Monbusho
recommended by University, mereka hanya tahu cuman dari Embassy
saja. Dalam hal ini Saudara harus dengan hati-hati menjelaskan
bahwa Professor punya hak untuk merekomendasikan mahasiswa asing
untuk mendapatkan beasiswa Monbusho dan bisa ditanyakan ke Foreign
Student Office Universitasnya.

Dalam mengontak Professor Jepang usahakan Professor yang ada di
universitas negeri. Universitas negeri dapat jatah beasiswa
Monbusho besar sekali. Universitas-universitas negeri yang
terkenal misalnya :
  The University of Tokyo          http://www.u-tokyo.ac.jp/
  Tokyo Institute of Technology  http://www.titech.ac.jp/
  Kyoto University                    http://www.kyoto-u.ac.jp/
  Tsukuba University                 http://www.tsukuba.ac.jp/
  Osaka University                    http://www.osaka-u.ac.jp/
  Nagoya University                  http://www.nagoya-u.ac.jp/
Tidak jarang juga Professor negeri yang tidak tahu tentang
beasiswa Monbusho recommended by University.

Surat perkenalan pertama ke Professor Jepang kadang-kadang tidak
di jawab. Banyak kemungkinannya, antara lain Professor tersebut
tidak bagus Englishnya sehingga untuk membalas dalam bahasa
Inggris dia butuh waktu lama, padahal dia sibuk sekali.
Kemungkinan lain di lab. Professor tersebut udah penuh, artinya
tidak bisa menampung lagi mahasiswa baru. Tapi jangan kuatir masih
ada ribuan Professor-professor yang tersebar di seluruh
Universitas di Jepang, silahkan saudara mencoba untuk kontak ke
Professor lainnya.
Cara yang terbagus adalah jika kenalan dengan Professor Jepang
dilakukan pada saat ketemu di Conference, Scientific meeting,
Kunjungan-kunjungan lab, atau pas ada kerja sama sehingga
Professor Jepang datang ke Indonesia. Kalau ada kesempatan seperti
itu, bisa saudara manfaatkan sebaik-baiknya.

Jika semuanya udah OK, dalam arti Professor sanggup menguruskan
beasiswa Monbusho, maka Professor lah yang sibuk. Mulai dari
ngambil application di Foreign Student Office di Universitasnya,
terus ngirim application itu ke saudara (setelah saudara isi
lengkap, saudara diharapkan ngembalikan ke Professor lagi), terus
Professor ngembalikan lagi application yang sudah saudara isi
lengkap ke Foreign Student Office dengan Professor tsb menyertakan
rekomendasi bahwa saudara diterima di lab-nya.
Akhirnya Foreign Student Office merekomendasikan candidate ke
Monbusho. Setelah diproses oleh Monbusho hasil pengumumannya di
beritahukan ke Universitas, dan Universitas memberitahu ke
Professor bahwa calon yang direkomendasikan oleh Professor tsb
berhasil. Barusan setelah itu Professor memberi tahu saudara.
Segala urusan mengenai kedatangan dan penjemputan saudara di urus
oleh Professor.

Setelah dapat pemberitahuan bahwa saudara dinyatakan sukses
sebagai penerima beasiswa Monbusho, saudara akan mendapatkan
sertifikat pernyataan bahwa saudara berhak menerima beasiswa
Monbusho untuk research student selama 1.5 tahun. Setelah
mendapatkan beasiswa research student, maka proses berikutnya sama
persis dengan beasiswa Monbusho G to G. Hanya waktu research
student beasiswa monbusho U to U cuman 1.5 tahun.

Dalam masa research student tersebut saudara harus  belajar
bahasa jepang, dan persiapan untuk ujian masuk S2 bagi yang ingin
melanjutkan program S2 dan ujian masuk S3 bagi yang ingin
melanjutkan program S3. Ujian masuk universitas diatur oleh masing-
masing universitas yang dipilih. Ada universitas jepang yang tiap
setengah tahun ngadakan ujian masuk, ada juga setiap tahun sekali
ujian masuknya. Jika dalam tahun pertama atau pertengahan tahun
pertama saudara lulus ujian masuk S2 atau S3 maka status beasiswa
research student yang masa waktunya masih lebih akan otomatis di
cancel (dihentikan) dan saudara di daftar sebagai penerima
beasiswa S2 (dua tahun lagi, buat yang akan masuk S2) dan S3 (tiga
tahun lagi, buat yang akan masuk S3). Tetapi jika dalam masa
research student tsb saudara gagal masuk ujian pertama, maka
saudara bisa mengikuti ujian masuk ke dua dan ketiga sampai masa
research habis. Jika sampai masa research student habis dan
saudara belum bisa masuk ujian, maka saudara di pulangkan. Untuk
yang masuk S2, setelah saudara menyelesaikan program Master, dan
jika saudara berkeinginan untuk melanjutkan program S3 maka
saudara bisa memperpanjang beasiswa itu untuk masuk program S3
(dan beasiswa akan diperpanjang lagi 3 tahun ke depan).

Nah kesempatan ini, yang bisa di dapat oleh setiap orang tanpa
kecuali (tidak harus PNS ataupun karyawan BUMN). Disamping tidak
ada quota kita bisa meminta rekomendasi dari berbagai pilihan
banyak Professor-Professor Jepang yang tersebar di seluruh
universitas Jepang. Dan prosedur beasiswa ini tidak ada
hubungannya dengan Kedutaan Jepang di Indonesia. Hanya saja jika
saudara diterima beasiswa ini pihak kedutaan jepang mengharapkan
saudara untuk melapor bahwa saudara di terima beasiswa monbusho.

Beasiswa Monbusho recommended by university di TOKYO INSTITUTE OF
TECHNOLOGY (TIT)
Ini adalah sebagai contoh cara apply beasiswa Monbusho U to U di
TIT.
Formulir beasiswa monbusho U to U ini bisa di dapat di Foreign
Student Office TIT sekitar bulan Desember, tetapi yang berhak
mengambil hanya Professor TIT saja, mahasiswa tidak diperbolehkan.
Formulir harus diserahkan ke Foreign Student Office TIT paling
lambat 31 Maret, setelah formulir diisi lengkap oleh applicant dan
sudah di kasih rekomendasi oleh Professor TIT. Penyerahan formulir
ke Foreign Student Office hanya bisa dilakukan oleh Professor TIT.
Aplicant tidak diperbolehkan menyerahkan application langsung.
Pihak Foreign Student Office TIT akan merekomendasikan calon ke
Monbusho sekitar pertengahan April. Monbusho akan menyeleksi dan
menginformasikan ke Pihak Foreign Student Office TIT pada
pertangahan Agustus. Awal Oktober calon mahasiswa diharapkan
kedatangannya ke Jepang. Semua urusan eligibility untuk pengurusan
VISA, tiket pesawat ke Jepang diurus semua oleh Foreign Student
Office TIT.

Untuk universitas lain seperti The University of Tokyo, Kyoto
University dll, deadline penyerahan application, pengumuman serta
tata caranya berbeda dengan TIT. Setiap universitas punya aturan
yang berbeda-beda.

Perbedaan Beasiswa Monbusho G to G dengan Monbusho U to U
1. Saat pengajuan (saat apply)
   Untuk Monbusho G to G, pengajuannya di Kedutaan Jepang
(Jakarta), proses seleksi di atur oleh pihak kedutaan Jepang.
Syarat utamanya adalah harus PNS atau karyawan BUMN
   Untuk Monbusho U to U, pengajuannya ke Professor Jepang dan
diteruskan ke Universitas Jepang. Tidak ada persyaratan khusus
untuk mendapatkan beasiswa ini (tidak harus PNS atau karywana
BUMN).
2. Seleksi
   Untuk Monbusho G to G, seleksi diadakan oleh kedutaan Jepang.
seleksi tahap pertama penyeleksian dari dokumen-dokumen yang
diserahkan pada saat aply, seleksi berikutnya adalah wawancara.
   Untuk Monbusho U to U, tidak ada sistem seleksi, jika Professor
sudah OK (dalam arti ngasih rekomendasi), maka universitas akan
melanjutkan untuk merekomendasikan ke Monbusho. Tetapi jika di
universitas tsb terlalu banyak permintaan dari Professor (jumlah
Professor yang apply banyak) maka universitas mengadakan seleksi,
biasanya seleksi di dasarkan pada kesenioritasan Professor. Untuk
itu, usahakan nyari Professor yang senior, yang sudah Full
Professor bukan yang Associate Professor. Hal ini untuk menjaga
kemungkinan adanya kejadian diatas.
3. Jangka waktu research student
   Untuk Monbusho G to G , jangka waktu beasiswa research student
adalah 2 tahun
   Untuk Monbusho U to U , jangka waktu beasiswa research student
adalah 1.5 tahun
4. Pengurusan keberangkatan ke Jepang
   Untuk Monbusho G to G, pengurusan keberangkatan ke Jepang di
urus atau dibantu oleh pihak kedutaan Jepang. Kedatangan di Jepang
di jemput dan diatur oleh AIEJ (Association International
Education Japan).
   Untuk Monbusho U to U, pengurusan keberangkatan ke Jepang di
urus sendiri, tidak ada hubungan dengan kedutaan Jepang, hanya
pihak kedutaan Jepang meminta laporan data tentang calon sebelum
keberangkatan. Dan kedatangan di Jepang di jemput atau diurus oleh
Professornya.

Persamaan Beasiswa Monbusho G to G dengan Monbusho U to U
Setelah sampai di Universitas Jepang, semua sama. Hak-hak yang
diperoleh oleh penerima beasiswa monbusho G to G dengan hak yang
diterima oleh penerima beasiswa monbusho U to U adalah sama. Hak-
haknya antara lain :
1. Tiket pesawat pulang - pergi dari negara asal ke Jepang
2. Uang kedatangan pertama kali di Jepang sebesar 25.000 yen
3. Uang beasiswa perbulan 185.500 yen
4. Bebas biaya ujian masuk universitas, matrikulasi dan biaya
kuliah
5. Tunjangan bagi yang tinggal di apartemen
6. Tunjangan untuk scientific meeting, travellling.
7. Perpanjangan beasiswa dari research student status ke program
master atau doktor, dan juga perpanjangan beasiswa dari master ke
doktor.

Transformation PPIZ A/B + GFP+S1 (EcoRI) and PPIZalpha+AO (Eco/XbaI)

Pagi hari udah bangun pagi-pagi “olah raga” nonton Piala Eropa di babak perempat final Spanyol vs Italia…eh udah ditungguin selama 2 jam, taunya cuma adu pinalti doang yang dimenagkan oleh Spanyol…bete banget..:(

pekerjaan di hari senin ini adalah geneclean DNA fragment hasil digest dengan beberapa enzyme, saya akan melakukan kloning gen GFP dan Phytase dari Aspergillus oryzae ke dalam yeast (pichia pastoris).

vektornya tidak lupa di tambahkan CIP 0.5 uL lalu diinkubasi lagi selama kurang lebih 2 jam, lalu di elektrophoresis dech….100v 40 menit tut..tut (waktu elektroforesis tergantung panjang nya gel) jangan sampe kita lengah,, takut ngga taunya lolos deh DNA yang kita elektrophoresis…jadi sia2 bukan pekerjaan kita jadinya kalo begitu??

udah dapet digeneclean kita check hasilnya untuk memastikan bener2 fragmentnya 1 pita dan ketebalan pita mempengaruhi berapa banyak kita akan meligasi..

setelah oke kita lakukan ligasi vektor dengan insertnya dengan enzyme T4 ligase (promega) dilanjutkan dengan pembuatan media untuk transformasi dan juga inokulasi e.coli DH5a juga sudah ke media LB.

Display of alpha amylase on the surface of lactobacillus casey cells by use of the PgsA Anchor protein, and Production of lactic acid from starch